解決しましたので、リンク先の記事をご覧ください。以下の内容は記事を書いた当時の情報です。

うちのGoogle Chromeでは、デフォルトの状態だとニコニコ動画の動画を視聴できません。

この問題自体は結構有名で、同梱されているPPAPIのFlash Playerを無効化し、NPAPIのFlash Playerを利用するようにして対応されてきました。しかし、少し前から無効化しても再起動すると復活するようになり、起動オプションの --disable-bundled-ppapi-flash も無視されるようになってしまいました。

しかし、抜け道はあります。pepflashplayer.dllを削除するなり移動するなりしてしまえば、ロードされることはありません。chrome://plugins を開いて場所を確認し、ファイル名を適当に変更すればOKです。バージョンアップすると復活してしまいますが、同じ作業を行えばまた次のアップデートまでは黙ってくれます。

ただし、PPAPIのほうがセキュリティは優れていますし、勝手にアップデートしてくれなくなってしまうので、そのあたりは自己責任でお願いします。個人的には、きちんとアップデートするのに加えて、プラグインをブロックすることをオススメします。勝手に動いてイライラすることもなくなるので一石二鳥だと思います。

# いくら推奨環境から外しているとはいえ、今時Google Chromeで閲覧できないのはどうにかしてほしいなと思います。誰が悪いのか知りませんが、早く解決してもらいたいですね。